Kapacita biobazénu se stanoví prostým výpočtem tak, aby na jednoho koupajícího připadlo 8 až 10 m2 vodní plochy nádrže. Stanovení filtrační a vazebné kapacity biologické části je daleko složitější. Vychází z energetické bilance přístupných živin a schopnosti biologických zón tyto vázat a umožnit následně jejich vytěžení.